1996 - 2001. Nueva museología para nueva arquitectura.

Entre 1989 y 1992 el Ministerio de Cultura destinó recursos para intentar subsanar algunos de los problemas que el Museo afrontaba en cuanto a la conservación de las colecciones y al servicio público. La más valiosa de estas inversiones se concretó en la construcción de un nuevo almacén de obras, ubicado en un entrepiso levantado en el ala derecha del patio del edificio. Esta reserva, conocida familiarmente como Almacén 100, significó un incremento en la capacidad de resguardo de obras y una notable mejoría en las condiciones de preservación.

En 1996 la institución debe cerrar durante cinco años. Comienza un período difícil porque la interrupción del servicio público de un museo que atesora lo más trascendente de las artes plásticas de una nación siempre es un hecho culturalmente sombrío con relación a su responsabilidad social. Pero ello se creyó indispensable para acometer las colosales tareas que le esperaban: una transformación museológica esencial acompañada de una remodelación arquitectónica concluyente.